برای شناسایی کاندیدهای واکسن در یک توالی ژنومی، یک رویکرد اساسی ایجاد شد که مبنای آن این فرض است که آنتی بادی ها به راحتی می توانند به سطوح دسترسی پیداکنند و ترشح شوند. بنابراین آنها کا ندیدهای واکسن ایده آل هستند. این رویکرد، که به عنوان واکسن شناسی معکوس یا reverse vaccinology شناخته می شود، از الگوریتم های مختلف بیوانفورماتیکی برای پیش بینی موقعیت مکانی آنتی ژن استفاده می کند و برای ایمن سازی در برابر بسیاری از بیماری های عفونی موفقیت آمیزبوده است. بنابراین واکسن شناسی معکوس یک روش امید بخش برای کشف واکسن های نوترکیب علیه بیماریهای عفونی، انگلی وحتی متابولیکی است.
